クラウド会計ソフトは中小企業に必要？費用と選び方

クラウド会計ソフトを検討し始めた中小企業の担当者がまず知りたいのは、「自社の規模で乗り換える意味があるのか」「予算はいくら見ておけばよいのか」「経理が1人でも運用できるのか」の3点です。製品比較を始める前にこの3つに答えが出ていないと、移行の途中で作業が止まり、旧ソフトと二重に使う状態が残ります。

この記事では、従業員数名〜数十名の法人（小規模法人）を想定し、中小企業で移行が進んでいる背景を税制・法令の動きから整理したうえで、導入すべき企業と急がなくてよい企業を判断基準つきで示します。費用はSmartSpaceに掲載しているクラウド会計ソフト10製品の公開料金をもとに、法人向けプランに絞って試算しました。なお、個人事業主から法人へ切り替えるタイミングの検討は法人成りしたら会計ソフトはどうする？個人事業主からの切り替えポイントで扱っています。

本記事に記載した料金は2026年8月時点の各社公式サイトの公開情報に基づく参考値です。最新情報は各社公式サイトでご確認ください。税表示（税抜・税別・税込）は各社の表記に従っています。

中小企業でクラウド会計ソフトへの移行が進んでいる4つの背景

移行が広がっている理由は、インボイス制度の経過措置が2026年10月に縮小すること・電子取引データを電子のまま保存する扱いが定着したこと・経理が1人という体制で月次決算まで求められること・初期費用0円で月額2,500円台から法人向けプランを選べることの4つです。法改正への追随を自社で抱えるか、ベンダー側に任せるかという選択が、規模に関係なく発生しています。

インボイス制度の経過措置が2026年10月に80%から50%へ下がる

適格請求書発行事業者以外の相手からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。国税庁の資料によると、令和5年（2023年）10月1日から令和8年（2026年）9月30日までは80%、令和8年（2026年）10月1日から令和11年（2029年）9月30日までは50%という段階が定められています。

記帳の実務に置き換えると、2026年10月をまたぐ取引は、控除割合が変わる前後で仕訳の税区分を書き分ける必要が生じます。経過措置を適用する取引には帳簿にその旨の記載も求められるため、税区分の選択肢が自動で更新されるかどうかが、月次の作業量に直結します。

出典：国税庁「免税事業者等からの仕入れに係る経過措置」（消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A）

メールやWebで受け取った証憑は電子データのまま保存する扱いになった

電子帳簿保存法では、電子取引で授受した取引情報について、電磁的記録による保存が求められています。ネット通販の領収書、メール添付のPDF請求書、Web明細などが該当し、紙に印刷して綴じる運用だけでは完結しない形になりました。

ただし、要件のすべてが一律に求められるわけではありません。国税庁は、相当の理由があると認められ、ダウンロードの求めおよび出力書面の提示・提出に応じられる場合の猶予措置を案内しています。検索機能の確保についても、前々事業年度の売上高が5,000万円以下である場合など、一定の条件下で不要とされる取扱いが示されています。自社がどの取扱いに該当するかを確認したうえで、ソフトに任せる範囲を決めるのが現実的な進め方です。

出典：国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト」

経理担当1名という体制のまま月次決算の早期化を求められている

中小企業では、記帳から支払、給与、決算補助までを1人が担っているケースが少なくありません。特定のパソコンにしかソフトが入っていない状態だと、その担当者が休むと帳簿が止まり、経営者は最新の数字を見られません。複数の端末から同時に入力・閲覧できる形にすることが、属人化を薄める手段として選ばれています。

初期費用0円で月額2,500円台から法人向けプランを選べる

掲載10製品のうち7製品が、最安プランの初期費用0円を公式サイトに明記しています。法人向けの記帳中心のプランなら月額2,500円前後から選べ、無料試用期間を2か月用意している製品もあります。インストール型のように数年ごとのバージョンアップ費用をまとめて支払う形ではなく、月額または年額に平準化される点も、予算を立てやすい要因になっています。

クラウド会計ソフトを導入すべき中小企業と、急がなくてよい中小企業

判断の軸は従業員数ではなく、自社で記帳する範囲・月間の取引件数・会計データを見る人数の3つです。従業員10名でも自社で全仕訳を起こしている企業は移行価値が高く、従業員50名でも記帳を丸ごと顧問税理士に委託している企業なら、自社で会計ソフトを持つ必要性は下がります。

移行の効果が出やすい中小企業の6つのサイン

次の項目に3つ以上あてはまる場合、クラウドへ移す効果が出やすい状態です。

1. 銀行口座と法人カードの明細を手で入力している — 自動取得と自動仕訳がそのまま工数削減につながります
2. 会計ソフトが1台のパソコンにしか入っていない — 担当者の不在や在宅勤務のたびに作業が止まります
3. 月次の試算表が翌月中旬以降にしか出ない — 経営判断に使える鮮度になっていません
4. インストール型の保守契約が切れている — 法改正のたびにバージョンアップ費用が個別に発生します
5. 請求書発行や経費精算のデータを会計へ手入力している — 転記と照合の工数が二重に発生しています
6. 拠点や部門ごとの損益を、表計算ソフトで組み直している — 会計ソフト側の部門管理で置き換えられる可能性があります

移行を急がなくてよい中小企業の4つのケース

移行が最善とは限らない状況もあります。次のいずれかにあてはまる場合は、時期をずらす、あるいは別の判断を先に済ませたほうが合理的です。

1. 記帳をすべて顧問税理士に委託していて、自社では帳簿を触らない

証憑を渡せば記帳から試算表の作成まで会計事務所側で完結している会社では、自社で会計ソフトを契約しても入力する人がいません。この場合に先に決めるべきは、ソフトの選定ではなく「記帳の分担をどこで区切るか」です。自社で日々の入力まで持つのか、証憑の共有だけをデジタル化するのかによって、必要な製品も費用も変わります。会計事務所側の対応環境を確認してから検討する順序が無駄になりません。

2. インストール型を導入して間もなく、保守契約の期間が残っている

法改正への対応やバージョンアップが保守契約に含まれているなら、期間満了まで使い切ってから移行しても不利益は小さくなります。契約期間の途中で乗り換えると、保守料とクラウドの利用料を二重に支払う期間が生じます。ただし、電子取引データの保存に現行の環境で対応できているかは、期間内であっても確認しておきたい点です。

3. 決算期末まで数か月しかない

会計ソフトの移行では、勘定科目・補助科目・部門の設定と、期首残高の登録が必要です。期の途中で切り替えると、旧ソフトと新ソフトに帳簿が分かれ、決算時に両方から資料を集める手間が生じます。期首から使い始める日程を逆算するほうが、移行作業は少なく済みます。期末が近い場合は、次の期首を目標に準備期間として使う判断が現実的です。

4. 顧問税理士が候補のソフトに対応していない

対応していないソフトを選ぶと、データの受け渡しのために出力・変換・再入力が発生し、削減したはずの工数が事務所側と自社側に戻ってきます。マネーフォワード クラウド会計は税理士・会計事務所メンバーを招待して共同利用できる仕組みを、かんたんクラウド会計は会計事務所とデータを共有しながら進められる点を公式サイトで案内しています。FX4クラウドはTKCおよびTKC会員会計事務所を通じた導入・運用支援が前提です。候補を絞る前に顧問税理士へ対応ソフトを確認するのが、遠回りに見えて手戻りの少ない進め方です。

「中小企業」の法令上の定義と、会計ソフト選びで見るべき規模は別物

中小企業基本法における中小企業者の定義は、業種ごとに資本金と従業員数で定められています（製造業その他は資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業は1億円以下または100人以下、サービス業は5,000万円以下または100人以下、小売業は5,000万円以下または50人以下）。

一方、クラウド会計ソフトの選定で効いてくるのは、資本金や従業員数ではなく会計ソフトにログインする人数・部門別に損益を見る必要があるか・月間の仕訳件数の3つです。従業員40名でも経理が1人で部門管理が不要な企業と、従業員15名でも3拠点の損益を分けて見たい企業では、適したプランが変わります。法令上の区分ではなく、会計データを誰が何のために見るかを出発点に考えるほうが実務に合います。

中小企業向けクラウド会計ソフトの費用の目安

小規模法人が実際に支払う金額は、利用者3名程度で月額2,000〜5,000円、5名程度まで広げると月額5,000〜9,000円が中心帯です。部門別管理や内部統制まで求めると月額7,750〜13,860円のゾーンへ移ります。掲載10製品の公開料金をもとに、法人が使う想定のプランを並べました。

年額に直すと、ジョブカン会計ビジネスプランは60,000円、マネーフォワード クラウド会計ビジネスは77,760円、勘定奉行クラウドEシステムは93,000円〜という水準です。月額7,000円前後に価格帯の断層があり、記帳中心の製品はそこまでに収まり、部門別管理や内部統制を求めると上のゾーンへ移ります。中堅規模まで含めた試算や、料金体系のタイプ別の解説はクラウド会計ソフトの費用相場は？10製品の料金で比較にまとめています。

月額3,000円以内で始められる3つの選択肢

予算をほとんど確保できない場合でも、法人で使える製品があります。

ジョブカン会計 — スタートアッププランが月額2,500円で3ユーザーまで、ビジネスプランが月額5,000円で5ユーザーまで利用できます。初期費用・サポート費用は無料で、30日間の無料トライアルから始められます。勤怠管理・経費精算・給与計算などジョブカンシリーズと連携できるため、バックオフィスを同一シリーズでそろえたい企業に向きます。シンプルな画面設計で、会計に不慣れな担当者でも扱いやすい構成です。

かんたんクラウド会計 — 株式会社ミロク情報サービスが提供する小規模事業者向けのクラウド会計で、Basicプランが月額2,160円（年額21,600円・税抜）、Plusプランが月額3,000円（年額30,000円・税抜）です。銀行口座やクレジットカードの明細を自動取得して仕訳を提案し、簿記の知識がなくても進められる「かんたん入力」を備えています。法人（一般・工事・医療）の科目体系に対応し、標準で3人まで同時利用できます。2か月間の無料試用期間が用意されている点も、比較検討には有利です。

弥生会計 Next（弥生会計オンラインの後継） — 弥生会計オンラインは新規申込の受付を終了し、後継の弥生会計 Nextへ刷新されました。会計・請求・経費・証憑管理を1つのプラットフォームに統合した構成で、エントリープランが年額34,800円（税抜・月額換算2,900円）、初期費用は0円です。操作方法から業務・仕訳相談まで対応するサポートプランが用意されており、電話やメールで相談できる体制がある点は、社内に会計の相談相手がいない企業には実務的な利点になります。最大2か月の無料お試しが可能です。

無料で試せる期間を比較して、比較検討の日程を組む

クラウド会計ソフトは無料プランを持つ製品がほとんどないため、比較検討は無料試用期間で行うことになります。公式サイトで案内されている期間は次のとおりです。

試用は、月次の締め処理をまたぐ日程で組んでください。1か月分の記帳を最後まで回すと、口座連携で取得できる明細の範囲や、自動仕訳の当たり具合を導入前に確認できます。候補を2製品に絞ってから同時期に試すと、比較の条件がそろい、判断が早くなります。

月額利用料に含まれない項目も見積もりに入れる

見積もり時に見落としやすいのは、上位プランの初期費用、同時利用できる人数の上限、移行作業の3つです。勘定奉行クラウドは最安のEシステムこそ初期費用0円ですが、Bシステムは60,000円、Sシステムは70,000円の初期費用が発生すると公式サイトに記載されています。

同時利用の人数上限も確認が必要です。ジョブカン会計はスタートアップが3ユーザーまで、ビジネスが5ユーザーまで、かんたんクラウド会計は標準で3人まで同時利用、PCAクラウド会計は1〜72ユーザーまで契約人数に応じたライセンス課金です。経理担当だけでなく、閲覧のみの経営層や各拠点の入力担当まで含めた必要人数を先に洗い出しておくと、契約後の追加を避けられます。移行作業と初期費用の詳細な内訳はクラウド会計ソフトの費用相場は？10製品の料金で比較で解説しています。

中小企業がクラウド会計ソフトを選ぶときの5つの確認ポイント

中小企業の選定で差が出るのは、同時利用の人数・部門別管理の要否・顧問税理士の対応・既存ソフトからの移行しやすさ・周辺業務との連携の5点です。機能の多さで選ぶと、使わない機能の分まで支払い、設定だけが複雑になります。

1. 会計ソフトに同時にログインする人数

必要なライセンス数は、経理担当の人数と一致するとは限りません。売上を入力する営業事務、支払を確認する経営者、拠点ごとの入力担当まで含めると、想定より多くなることがあります。

プラン定額型の製品でも人数上限が設けられているため、上限を超えると上位プランへの移行やライセンス追加が必要になります。PCAクラウド会計のようにサーバーライセンス費用とソフト利用ライセンス費用で構成され、1〜72ユーザーまで契約人数に応じて変動する体系もあります。必要人数を先に確定させてから見積もりを取るのが、後から金額が変わるのを防ぐ方法です。

2. 部門別の損益を会計ソフト側で見る必要があるか

部門別管理が必要かどうかは、価格帯を分ける最大の分岐点です。拠点別・事業別の損益を月次で追いたい企業は、部門管理に対応したプランを選ぶ必要があります。マネーフォワード クラウド会計はビジネスプランで部門管理などに対応し、勘定奉行クラウドは部門別管理と管理会計レポートを備えています。

FX4クラウドは部門を階層・グループで管理する部門別業績管理と、利益構造を把握するための変動損益計算書を搭載し、料金は個別見積もりです。反対に、部門別の数字を表計算ソフトで年に数回まとめれば足りる企業であれば、記帳中心の月額5,000円台までのプランで十分に回ります。

3. 顧問税理士・会計事務所が対応しているか

会計データの受け渡し方法は、目に見えにくいコスト要因です。顧問税理士が対応していないソフトを選ぶと、出力と変換の作業が毎月発生します。

マネーフォワード クラウド会計は税理士など会計事務所のメンバーを招待して共同利用できる仕組みを、かんたんクラウド会計は会計事務所とデータを共有しながら進められる点を公式サイトで案内しています。FX4クラウドは、導入・運用をTKC会員会計事務所とTKCが支援する体制です。候補を3つに絞った段階で顧問税理士に相談し、対応可否と受け渡し方法を確認しておくと、移行後の手戻りを避けられます。

4. 既存のインストール型からの移行しやすさ

長年インストール型を使ってきた企業では、操作体系が大きく変わることが移行の障壁になります。PCAクラウド会計は、デスクトップ版PCA会計シリーズの操作性を引き継いだうえでクラウド化されており、既存のPCA会計ユーザーが移行しやすい点を公式サイトで挙げています。弥生会計 Nextも、デスクトップ会計ソフトで実績のある弥生のノウハウを引き継いでいます。

あわせて確認したいのが、保守・法改正対応・バージョンアップの費用の扱いです。PCAクラウド会計は、これらの費用がすべて料金に含まれる構成と案内しています。インストール型で毎年発生していた保守料と比較すると、実質的な差額が見えやすくなります。

5. 請求・経費・給与まで同じシリーズでそろえるか

会計ソフト単体で見るか、バックオフィス全体で見るかによって、適した製品が変わります。freee会計は請求書発行・経費精算・給与計算までを同一プラットフォームで連携でき、マネーフォワード クラウド会計は会計・請求・経費・給与・勤怠をシリーズで一元管理できます。ジョブカン会計も勤怠・経費精算・給与計算のジョブカンシリーズと連携します。

すでに請求書発行や経費精算で別のサービスを使っている場合は、連携方法（API連携かCSV取り込みか）と連携できる項目を確認してください。製品ごとの機能・料金・対象規模を横並びで確認したい場合は、クラウド会計ソフトのおすすめ8選を比較【2026年版】料金・機能・選び方をご覧ください。

経理担当1名でクラウド会計ソフトを運用するコツ

少人数の経理で回すコツは、移行の作業量を期首に集中させ、日々の入力を自動化に寄せることです。自動仕訳のルールを育てる作業を最初の3か月で済ませると、その後の月次作業が軽くなります。

期首から使い始める日程を逆算する

移行を決めたら、次の期首を開始日に置き、そこから逆算して準備期間を確保します。勘定科目・補助科目・部門の設定、期首残高の登録、口座とカードの連携登録が主な作業です。決算期末の1〜2か月前から準備を始め、期首を境に完全に切り替えると、旧ソフトと新ソフトに帳簿が分かれずに済みます。

準備期間には無料試用期間を重ねると、実際のデータで動かしながら設定を詰められます。試用期間が2か月ある製品なら、そのまま移行準備の期間として使えます。

口座・カードの連携を先に済ませ、自動仕訳のルールを育てる

クラウド会計ソフトの効果がもっとも大きいのは、銀行口座やクレジットカードの明細を自動取得して仕訳を提案する部分です。最初の1〜2か月は提案された勘定科目を修正する作業が発生しますが、修正するほど学習が進み、3か月目以降の手直しは減っていきます。

先に済ませておきたいのは、法人口座・法人カード・電子マネーのうち事業で使うものをすべて連携登録することです。連携から漏れた口座の取引だけが手入力で残ると、月末に「どこまで入力したか分からない」状態になりやすくなります。

摘要と補助科目のルールを顧問税理士と合意しておく

入力ルールが曖昧なままだと、後から集計し直す作業が発生します。摘要にどこまで書くか、取引先を補助科目で持つか、経過措置を適用する取引をどう区別するかといった点は、顧問税理士と最初に合意しておくと、決算時の質問と修正が減ります。

A4で1枚のルール表があれば十分です。担当者が交代したときの引き継ぎ資料としても機能します。

権限を分けて、閲覧だけの利用者を絞る

経営者や部門長が数字を見たいという要望は、会計ソフトの利用者を増やす方向に働きます。ただしライセンスは人数に連動するため、全員に会計ソフトのアカウントを渡すと費用が上がります。

月次の試算表や部門別の損益を定型のレポートとして出力し、共有する運用にすれば、会計ソフトへログインする人数を経理担当に絞れます。誰が何を見たいのかを整理してから、ログインが必要な人だけにアカウントを割り当てる判断が、少人数の組織では効きます。

電子取引データの保存場所を1か所に決める

メール添付のPDF請求書、Web明細、ネット通販の領収書は、担当者の判断で保存場所が分かれやすい種類のデータです。会計ソフトの証憑保存機能に集約するのか、別のストレージに置いて会計ソフトから参照するのかを、運用開始前に1つに決めておきます。

保存の要件は、システムの機能だけでなく社内の事務処理規程や運用体制も関わります。自社に必要な対応の範囲は国税庁の電子帳簿等保存制度特設サイトで確認し、判断に迷う点は顧問税理士にご相談ください。

中小企業のクラウド会計ソフトに関するよくある質問

Q. 従業員10名程度の法人でも導入する意味はありますか

自社で記帳している、銀行口座やカードの取引が毎月一定量ある、経理担当が1人で属人化しているといった条件があてはまるなら、10名程度でも効果が出ます。法人向けの記帳中心のプランは月額2,500円前後から選べるため、費用面のハードルは高くありません。

一方、記帳を丸ごと顧問税理士に委託していて自社では帳簿を触らない会社では、ソフトを契約しても使う人がいない状態になります。この場合は、まず記帳の分担をどこで区切るかを税理士と決めてから検討してください。

Q. 顧問税理士がインストール型を使っている場合はどうなりますか

データの受け渡し方法を決める必要があります。多くのクラウド会計ソフトは仕訳データや総勘定元帳のエクスポートに対応していますが、出力形式が事務所側のソフトで読める形かどうかは個別に確認が必要です。

対応できない場合、事務所側で再入力が発生し、その工数が顧問料に反映される可能性もあります。ソフトを決める前に顧問税理士へ相談するのが、結果的にもっとも費用を抑える進め方です。会計事務所メンバーを招待して共同利用できる製品を選ぶという選択肢もあります。

Q. インストール型からの移行で、過去の仕訳データは引き継げますか

製品と旧ソフトの組み合わせによって異なります。前期以前の仕訳をすべて取り込めるとは限らず、期首残高と当期の仕訳から始める形になることもあります。PCAクラウド会計のように、デスクトップ版の操作性を引き継いで既存ユーザーが移行しやすい設計を掲げている製品もあります。

過去データを移行できない場合でも、旧ソフトを参照専用として一定期間残す運用は可能です。帳簿書類の保存義務との関係もあるため、保存期間中のデータをどの形で残すかを、移行計画の段階で顧問税理士と確認しておくと安心です。

Q. クラウド会計ソフトを入れれば、電子帳簿保存法とインボイス制度に対応できますか

対応が完了するとは言い切れません。法改正への自動アップデートや、電子帳簿保存法・インボイス制度への対応を公式サイトで案内している製品は複数あり、FX4クラウドのように電子帳簿ソフト法的要件認証を受けた「優良な電子帳簿」のシステム要件を満たすと案内している製品もあります。

ただし、電子取引データの保存は真実性の確保と可視性の確保の両面から要件が定められており、システムの機能に加えて社内の事務処理規程や運用体制も関わります。適格請求書の記載事項や保存方法も、自社の取引形態によって確認すべき点が変わります。要件の詳細は国税庁の電子帳簿等保存制度特設サイトおよび国税庁のインボイス制度に関する情報をご確認ください。

まとめ｜中小企業がクラウド会計ソフトを検討する前に決めること

クラウド会計ソフトが中小企業に必要かどうかは、従業員数ではなく自社で記帳する範囲・月間の取引件数・会計データを見る人数で判断できます。自社で仕訳を起こしている、口座やカードの明細を手入力している、会計ソフトが1台のパソコンにしか入っていない、といった状態なら、移行の効果は明確です。反対に、記帳を顧問税理士に委託している会社や、インストール型の保守契約が残っている会社、期末まで数か月しかない段階では、時期をずらす判断も合理的です。

費用は利用者3名程度で月額2,000〜5,000円、5名程度まで広げると月額5,000〜9,000円が中心帯で、部門別管理を求めると月額7,750円以上のゾーンへ移ります。無料プランを持つ製品はほとんどないため、比較検討は30日間〜2か月の無料試用期間で行い、候補を2製品に絞って同時期に試すと判断が早くなります。運用は、期首から使い始める日程を逆算し、口座・カードの連携を先に済ませて自動仕訳のルールを育てる順序が、経理担当1名でも回せる進め方です。

製品ごとの機能・料金・対象規模を横並びで比較したい場合はクラウド会計ソフトのおすすめ8選を比較【2026年版】料金・機能・選び方を、各社の資料をまとめて請求したい場合はクラウド会計ソフトのサービス一覧をご覧ください。費用の内訳や規模別の試算をさらに詳しく確認したい場合はクラウド会計ソフトの費用相場は？10製品の料金で比較が参考になります。

記載した料金は2026年8月時点の各社公式サイトの公開情報に基づく参考値です。プラン内容・価格は変更される場合があるため、最新情報は各社公式サイトでご確認ください。税制・法令に関する記述は国税庁の公表資料に基づいていますが、個別の適用可否については顧問税理士等の専門家にご確認ください。