経費精算システムは中小企業に必要？費用と選び方

経費精算システムを検討し始めた中小企業の担当者がまず知りたいのは、「自社の申請件数で入れる意味があるのか」「予算はいくら見ておけばよいのか」「経理が1人しかいなくても運用できるのか」の3点です。製品比較を始める前にこの3つに答えが出ていないと、契約したものの申請が紙に戻る、という結末になりがちです。

この記事では、中小企業で導入が増えている背景を税制・法令の動きから整理したうえで、導入すべき企業と急がなくてよい企業を判断基準つきで示します。費用はSmartSpaceに掲載している経費精算システム10製品の公開料金をもとに、利用人数10名・30名で試算しました。経理担当が1〜2名という体制で運用するための進め方もあわせて解説します。

本記事に記載した料金は2026年8月時点の各社公式サイトの公開情報に基づく参考値です。最新情報は各社公式サイトでご確認ください。税表示（税抜・税別・税込）は各社の表記に従っています。

中小企業で経費精算システムの導入が増えている4つの背景

中小企業で導入が広がっている理由は、インボイス制度の経過措置が2026年10月に縮小すること・電子取引データを電子のまま保存する扱いが定着したこと・経理の人員が増えないこと・1ユーザー月額300円台の製品が増えたことの4つです。規模が小さいから確認作業が少なくて済む、という領域が狭まっています。

インボイス制度の経過措置が2026年10月に80%から50%へ下がる

適格請求書発行事業者以外の相手からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。国税庁の資料によると、令和5年（2023年）10月1日から令和8年（2026年）9月30日までは80%、令和8年（2026年）10月1日から令和11年（2029年）9月30日までは50%という段階が定められています。

経費精算の実務に置き換えると、2026年10月以降は、従業員が立て替えた1件ごとに「相手が適格請求書発行事業者かどうか」で税額の扱いが変わり、控除できる割合も変わります。領収書の登録番号を目視で確認し、帳簿に区分を書き分ける作業が、件数の分だけ積み上がる構図です。

出典：国税庁「免税事業者等からの仕入れに係る経過措置」（消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A）

メールやWebで受け取った領収書は電子データのまま保存する扱いになった

電子帳簿保存法では、電子取引で授受した取引情報について、電磁的記録による保存が求められています。ネット通販の領収書、メール添付のPDF請求書、Web明細などが該当し、紙に印刷して綴じる運用だけでは完結しない形になりました。

一方で、要件のすべてを一律に求めるものではありません。国税庁は、相当の理由があると認められ、ダウンロードの求めおよび出力書面の提示・提出に応じられる場合の猶予措置を案内しています。また検索機能の確保についても、前々事業年度の売上高が5,000万円以下である場合など、一定の条件下で不要とされる取扱いが示されています。自社がどの取扱いに該当するかを確認したうえで、システムに任せる範囲を決めるのが実務的な進め方です。

出典：国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト」

経理の人員が増えないまま申請件数と確認項目が増えている

中小企業では、経費精算の確認を経理担当が他業務と兼任しているケースが少なくありません。従業員が20名から40名に増えても、確認する担当者が1人から2人に増えることはまれです。件数が倍になり、さらに1件あたりの確認項目（登録番号の有無、電子データか紙か、勘定科目の妥当性）が増えれば、締め日前後の業務が給与支払いや月次決算のスケジュールを圧迫します。

1ユーザー月額300〜500円台の製品が選べる価格帯になった

かつての経費精算システムは、初期費用に十万円単位、月額に数万円単位が必要でした。現在は掲載10製品のうち4製品が初期費用0円を公式サイトに明記しており、1ユーザーあたり月額300〜500円台で使える製品も複数あります。予算が限られていることが、検討を止める決定的な理由にはなりにくくなっています。

経費精算システムを導入すべき中小企業と、急がなくてよい中小企業

判断の軸は従業員数ではなく、月間の立替精算件数・領収書の受け取り形式・精算ルールの整備状況の3つです。従業員15名でも出張と交際費が多い企業は導入価値が高く、従業員50名でも支払いの大半が請求書払いで立替がほとんど発生しない企業なら、急ぐ理由は限られます。

導入を検討したい中小企業の6つのサイン

次の項目に3つ以上あてはまる場合、システム化の効果が出やすい状態です。

1. 月の立替精算が100件を超えている — 1件3分の確認でも5時間、差し戻しが発生すればさらに膨らみます
2. 領収書が紙とPDFに分かれて届いている — 保存場所が二重になり、後から探し出す作業が発生します
3. 交通費の経路と運賃を手で調べて入力している — 検索と転記が申請者・確認者の双方で重複しています
4. 差し戻しと再申請の往復が月末に集中している — 入力段階でルール違反を止められていない状態です
5. 登録番号の有無を目視で確認している — 件数が増えるほど確認漏れが起きやすくなります
6. 立替金の振込データを手作業で作成している — 支払漏れと金額違いのリスクが残ります

導入を急がなくてよい中小企業の4つのケース

導入が最善とは限らない状況もあります。次のいずれかにあてはまる場合は、時期をずらす、あるいは別の手段を先に検討する判断も現実的です。

1. 立替精算が月に数件しかなく、支払いの大半が請求書払いで完結している

経費精算システムが削減するのは、立て替え・申請・承認・振込という一連の往復にかかる時間です。支払いのほとんどが取引先からの請求書に対する振込で、従業員の立替が月に数件という会社では、削減できる工数がそもそも小さくなります。この段階では、支払手段を法人カードや請求書受領サービスへ寄せて立替そのものを減らすほうが、効果が大きい場合があります。

2. 契約中の会計ソフトに経費精算機能が含まれている

すでに契約しているクラウド会計ソフトに、経費申請の機能が含まれている場合があります。freee経費精算はfreee会計に含める形なら1ユーザー月額300円〜の従量課金で利用でき、マネーフォワード クラウド経費も同社のクラウド会計とシリーズで連携します。追加費用なく使える範囲を把握しないまま別製品を新規契約すると、機能が重複します。契約中サービスの機能一覧を確認してから、不足分だけを補う判断が合理的です。

3. 経費規程が定まっておらず、何をいくらまで認めるかが人によって違う

「タクシーはどこまで認めるか」「懇親会費の上限はいくらか」「申請期限は何日か」が明文化されていないままシステムを入れると、記録は残るものの、承認の判断は結局その都度になります。システムはルールを自動で適用する道具であり、ルールそのものを決めてはくれません。規程の整理を先に済ませたほうが、導入後の手戻りを抑えられます。

4. 少額特例の対象で、精算の大半が1件1万円未満に収まっている

国税庁は、基準期間における課税売上高が1億円以下、または特定期間における課税売上高が5,000万円以下である事業者について、令和5年（2023年）10月1日から令和11年（2029年）9月30日までの間、税込1万円未満の課税仕入れは一定の事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除を認める措置（少額特例）を案内しています。

自社がこの対象で、精算のほとんどが1万円未満なら、インボイスの確認負担は当面軽くなります。ただし適用期間には期限があり、令和11年10月1日以後の課税仕入れは対象外とされています。導入しなくてよい理由ではなく、体制を整えるための猶予期間と捉えるのが妥当です。適用可否の判断は顧問税理士にご確認ください。

出典：国税庁「少額特例（一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置）の概要」

「中小企業」の法令上の定義と、製品選びで見るべき規模は別物

中小企業基本法における中小企業者の定義は、業種ごとに資本金と従業員数で定められています（製造業その他は資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業は1億円以下または100人以下、サービス業は5,000万円以下または100人以下、小売業は5,000万円以下または50人以下）。

一方、経費精算システムの選定で効いてくるのは、資本金ではなく申請する人数と、月に処理する領収書の件数です。従業員60名でも申請するのは営業10名だけという企業と、従業員20名全員が毎月経費を立て替える企業では、必要なライセンス数も適した料金体系も変わります。法令上の区分ではなく、自社の申請実態を出発点に考えるほうが実務に合います。

中小企業向け経費精算システムの費用の目安

中小企業が実際に支払う金額は、利用人数10名で月額3,000〜6,500円、30名で月額9,000〜15,000円の範囲に収まる製品が中心です。掲載10製品の公開料金をもとに試算しました。年間に直すと10名で4万〜8万円、30名で11万〜18万円が目安になります。

試算の前提は、標準的な経費精算機能のみを利用し、オプションを追加しない場合です。金額は各社の表記どおり（税抜・税別・税込が混在）で計算しています。

マネーフォワード クラウド経費のようなプラン定額型は、プランごとに想定する事業規模が異なります。30名で使えるかどうかは公開単価だけでは判断できないため、見積もり時に対象人数の条件を確認してください。利用人数50名・300名まで含めた試算や、料金体系のタイプ別の解説は経費精算システムの費用相場は？10製品の料金で比較にまとめています。

月額5,000円台までで始められる3つの選択肢

予算をほとんど確保できない場合でも、選べる製品があります。

freee経費精算 — freee会計のプランに含める形であれば、1ユーザー月額300円〜の従量課金で利用でき、初期費用は0円です。申請・承認された経費データがfreee会計と同じ基盤でそのまま仕訳へつながるため、経理側の二重入力が発生しません。承認フローや内部統制を強化したい場合は、月額7,500円〜＋1IDあたり月額650円の「経費精算Plus」へ拡張できます。

ジョブカン経費精算 — 初期費用0円、1ユーザー月額400円からで、最低利用料金は月額5,000円です。30日間の無料トライアルが用意されており、トライアル終了後に申し込みがない場合は機能制限付きの無料プランへ移行すると公式サイトに記載されています。まず操作感を確かめてから判断したい企業にとって、試用のハードルが低い設計です。タイムスタンプとAI-OCRは各100円/ユーザーのオプションとして追加できます。

ジンジャー経費 — 基本料金は1ユーザーあたり月額500円で、利用プロダクトの組み合わせによっては月額300円（税抜）からの従量課金になると公式サイトに案内されています。勤怠・人事・給与の「ジンジャー」シリーズと従業員データを共有できるため、組織変更や人員の増減があってもマスタを二重に管理せずに済みます。最低利用期間は1年、1か月の無料トライアルで全機能を試せます。

少人数ほど「最低利用料金」と「公開値の前提人数」で実質単価が変わる

公開単価が安く見える製品でも、少人数では条件によって割高になることがあります。掲載製品で公開されている条件は次のとおりです。

利用人数10名前後の企業は、単価表の数字ではなく「自社の人数で契約した場合の月額合計」で比較することをおすすめします。定額型の製品は人数が増えるほど1人あたりが下がる設計のため、少人数のうちは人数従量課金型が有利になりやすい構図です。

月額利用料に含まれない項目も見積もりに入れる

月額利用料のほかに発生し得るのは、初期費用、法対応のオプション費用、最低利用期間の縛りの3つです。楽楽精算は初期費用100,000円（税別）を公式サイトに明記しています。ジョブカン経費精算のタイムスタンプ・AI-OCRのように、電子帳簿保存法まわりの機能がオプション扱いの製品では、必要な機能を足した後の単価で比べないと順位が入れ替わります。

契約期間の条件も確認しておきたい項目です。ジンジャー経費とConcur Expense Standardは最低利用期間1年、バクラク経費精算は年間契約・12か月分の一括払いと公式サイトに記載されています。運用体制が固まる前に長期契約を結ぶと、使われないまま費用だけが発生するため、無料トライアルで実運用を確かめてから契約する順序が安全です。

なお、IT導入補助金の対象となる経費精算システムもありますが、対象は事務局に登録されたITツールに限られ、補助率・上限額・申請要件は公募回ごとに変わります。利用を検討する場合は、IT導入補助金の公式サイトと導入候補のベンダーの双方に最新の登録状況をご確認ください。

中小企業が経費精算システムを選ぶときの5つの確認ポイント

中小企業の選定で差が出るのは、課金の基準・法対応機能の位置づけ・会計ソフトとの接続・入力を誰が担うか・契約期間と人数増加への対応の5点です。機能の多さで選ぶと、使わない機能の分まで支払い、設定だけが複雑になります。

1. 課金の基準がユーザー数か領収書の件数か

課金の基準は製品によって分かれます。ジョブカン経費精算・ジンジャー経費・freee経費精算はユーザー数に応じた課金、TOKIUM経費精算はアカウント数無制限で領収書の件数にもとづく従量課金、Bill One経費は処理件数に応じた個別見積もりです。

申請する人数が多く1人あたりの件数が少ない会社ではユーザー課金が不利になり、逆に申請者は少ないが1人あたりの領収書が多い会社では件数課金が不利になります。自社の「申請者数×1人あたり月間件数」を出してから見積もりを取ると、公開単価の印象と実際の負担が食い違うのを防げます。

2. 電子帳簿保存法・インボイス制度への対応機能が基本料金に含まれるか

法対応まわりの機能の位置づけは製品ごとに異なります。ハーモス経費はAI-OCR（領収書）、スマートフォンアプリ利用、電子帳簿保存法（電子取引）・インボイス制度対応を基本料金内で利用できると公式サイトに案内しています。ジョブカン経費精算はタイムスタンプとAI-OCRを各100円/ユーザーのオプションとしています。

バクラク経費精算とハーモス経費は、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）の認証取得を公式サイトに明記しています。認証は要件を満たすことが確認されたソフトウェアであることを示すものですが、認証製品を使えば自社の対応がすべて完了するわけではありません。運用ルールや保存体制も含めた確認が必要です。

3. 使っている会計ソフトへ仕訳データが渡るか

経費精算システムを入れても、確定した仕訳を会計ソフトへ手入力していては工数が残ります。freee経費精算はfreee会計と同じ基盤で動き、マネーフォワード クラウド経費は同社のクラウド会計・クラウド給与と連携します。ハーモス経費は会計システムとの連携実績が100種類以上あると公式サイトに記載しています。

すでに同じシリーズの会計ソフトを使っているなら、シリーズをそろえるほうが設定は簡単です。シリーズ外の会計ソフトを使い続ける場合は、出力項目をカスタマイズできるか、会計ソフト側の取り込み形式に合わせられるかを、現在使っている製品名を伝えたうえで確認しておきましょう。

4. 領収書の入力を誰が担う設計か

入力の担い手をどこに置くかで、社内に残る作業量が変わります。TOKIUM経費精算は撮影・郵送された領収書をオペレーターがオンラインで入力代行し、入力精度99.9%でデータ化すると公式サイトに記載しています。従業員は領収書を送るだけで申請が完了する設計です。

Bill One経費は、年会費・発行手数料無料のビジネスカードを従業員に配布することで立替払いそのものをなくす発想の製品で、カード利用明細との金額突合を自動化します。バクラク経費精算は、複数枚の領収書を一括アップロードして自動で読み取り・分割し、AI申請レビューが不備を指摘することで差し戻しの往復を減らす設計です。入力を減らすのか、確認を減らすのか、立替自体をなくすのかという方向性の違いで比較すると、自社の詰まりどころに合う製品を選びやすくなります。

5. 最低利用期間と、人数が増えたときの費用の伸び方

導入から数年で人数が倍になる可能性がある企業は、増加後の金額も見ておく価値があります。ユーザー課金型は人数に比例して費用が伸びるのに対し、TOKIUM経費精算のようなアカウント無制限型は人数が増えてもライセンス費用が発生しません。

あわせて、最低利用期間の有無も契約前に確認しておきましょう。1年契約の製品では、途中で合わないと分かっても期間満了まで費用が続きます。製品ごとの機能・料金・対応範囲を横並びで確認したい場合は、経費精算システムのおすすめ8選を比較【2026年版】料金・機能・選び方をご覧ください。

経理担当1〜2名で経費精算システムを運用するコツ

少人数の経理で回すコツは、最初から全部を自動化しようとしないことに尽きます。申請と承認の電子化を先に動かし、AI-OCRや複雑な承認経路は運用が安定してから足していく順序が、失敗しにくい進め方です。

精算ルールを3つに絞ってから設定に入る

設定作業が難航する原因の多くは、明文化されていない例外ルールです。着手前に決めておきたいのは、申請期限・上限額・領収書の添付ルールの3つです。「精算は翌月5日まで」「懇親会は1人あたり◯円まで」「1万円以上は領収書の原本またはPDFを添付」といった水準で構いません。

3つが決まっていれば、システム側の設定は入力チェックの条件として表現できます。例外が多い場合は、この機会に統一できるものを統一しておくと、設定工数も今後の確認作業も軽くなります。

件数の多い費目から電子化して、範囲を広げる

初回から出張旅費規程の日当計算や、部署別の複雑な承認経路まで組もうとすると、運用開始が数か月先へ延びます。まずは件数がもっとも多い費目（多くの企業では交通費）から電子化し、申請と承認が回ることを確認してから、交際費・出張費・支払依頼へ広げていく順序が安全です。

範囲を絞れば、従業員への説明も「交通費はこの画面から出してください」の一文で済みます。全費目を一度に切り替えるより、問い合わせ対応の負担が小さくなります。

立替払いそのものを減らす手段を並行して検討する

システムで申請を速くするのと同時に、立替の件数自体を減らせないかを見直す価値があります。法人カードや、Bill One経費のようなビジネスカードを併用する形にすると、そもそも申請と振込が発生しない支出が増えます。

立替が減れば、月末の振込データ作成と、従業員への支払サイクルの説明も不要になります。ツールの導入と支払手段の見直しは、別々に検討するより組み合わせたほうが効果が大きくなります。

無料トライアルは月次の締めをまたぐ日程で使う

掲載製品の多くが無料トライアルを用意しています。ジョブカン経費精算は30日間、ジンジャー経費とマネーフォワード クラウド経費は1か月間の無料利用を公式サイトで案内しています。

試用期間は、月次の締め処理をまたぐ日程で設定してください。1サイクル分を最後まで回すと、「想定していた形式で仕訳データが出ない」「承認経路が自社の決裁権限と合わない」といった問題を導入前に発見できます。数名の部署だけで先行して試し、問題がなければ全社へ広げる進め方も有効です。

差し戻しの理由を記録して、申請フォームに反映する

差し戻しの理由は、同じパターンが繰り返される傾向があります。「日付が読めない」「参加者名の記載がない」「勘定科目が違う」といった理由を1か月分だけ書き出すと、上位3つで大半を占めることが分かります。

上位の理由に対しては、申請フォームの必須項目や入力チェックで先回りできます。バクラク経費精算のAI申請レビューのように、不備の指摘を製品側の機能に任せられるものもあります。確認作業を増やすのではなく、申請の入り口で止めるという発想に切り替えると、担当者1〜2名でも回せる状態に近づきます。

中小企業の経費精算システムに関するよくある質問

Q. 従業員が10名以下でも導入する価値はありますか

立替精算が月に数十件以上ある、領収書が紙とPDFに分かれている、出張や交際費が発生するといった条件があてはまるなら、10名以下でも効果が出ます。1ユーザー月額300〜500円台の製品を選べるため、費用面のハードルは高くありません。

一方、立替が月に数件で、支払いの大半が請求書払いという事業所では、削減できる工数が限られます。また少人数では最低利用料金や公開値の前提人数によって1人あたりの実質単価が上がるため、契約人数での月額合計を確認してから判断してください。

Q. 経費精算システムを入れれば、領収書の原本は捨ててよくなりますか

一律に「捨ててよい」とは言えません。バクラク経費精算はタイムスタンプ付与により領収書原本の保存が不要になる点を公式サイトで案内していますが、スキャナ保存の要件を満たす形で運用できているかどうかが前提になります。

電子帳簿保存法の要件は、真実性の確保と可視性の確保の両面から定められており、システムの機能に加えて社内の事務処理規程や運用体制も関わります。要件の詳細は国税庁の電子帳簿等保存制度特設サイトで確認し、判断に迷う点は顧問税理士にご相談ください。経費精算に絞った電子保存の要件は経費精算の電子帳簿保存法対応とは？領収書電子化の要件でも解説しています。

Q. 会計ソフトを変えずに、経費精算システムだけを導入できますか

導入できます。多くの製品が仕訳データのCSV出力に対応しており、会計ソフトの取り込み形式に合わせて出力項目を調整する形で連携します。ハーモス経費のように会計システムとの連携実績を100種類以上と公表している製品もあります。

ただし出力項目の自由度は製品ごとに異なるため、現在使っている会計ソフトの名称を伝えたうえで、連携実績があるかを確認しておくと安心です。同一シリーズでそろえた場合と比べて、月次で数十分の手作業が残ることがあります。

Q. インボイス制度への対応は、システムを入れれば完了しますか

完了するとは言い切れません。登録番号の読み取りや適格請求書の要件判定を自動化する機能を備えた製品はありますが、対象となる取引の範囲、経過措置の適用、帳簿への記載事項、自社の課税売上高に応じた特例の可否といった判断は、制度と自社の状況の両方を踏まえる必要があります。

2026年10月1日以後は、適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れに係る経過措置の割合が80%から50%へ下がります。制度の詳細は国税庁のインボイス制度に関する情報を確認し、自社の適用関係は顧問税理士に確認することをおすすめします。

まとめ｜中小企業が経費精算システムを検討する前に決めること

経費精算システムが中小企業に必要かどうかは、従業員数ではなく月間の立替精算件数・領収書の受け取り形式・精算ルールの整備状況で判断できます。立替が月100件を超える、領収書が紙とPDFに分かれている、差し戻しが月末に集中している、といった状態なら、導入で得られる効果は明確です。反対に、立替が月に数件しかない企業や、経費規程が固まっていない段階では、支払手段の見直しやルールの整理を先に進めるほうが同じ予算でも成果が大きくなります。

費用は利用人数10名で月額3,000〜6,500円、30名で月額9,000〜15,000円が目安で、1ユーザー月額300円台から選べる製品もあります。少人数の経理で運用する場合は、申請期限・上限額・添付ルールの3点を先に決めること、件数の多い費目から段階的に電子化することの2つを押さえておくと、導入後の手戻りを抑えられます。

製品ごとの機能・料金・対応範囲を横並びで比較したい場合は経費精算システムのおすすめ8選を比較【2026年版】料金・機能・選び方を、各社の資料をまとめて請求したい場合は経費精算システムのサービス一覧をご覧ください。費用の内訳や規模別の試算をさらに詳しく確認したい場合は経費精算システムの費用相場は？10製品の料金で比較が参考になります。

記載した料金は2026年8月時点の各社公式サイトの公開情報に基づく参考値です。プラン内容・価格は変更される場合があるため、最新情報は各社公式サイトでご確認ください。税制・法令に関する記述は国税庁の公表資料に基づいていますが、個別の適用可否については顧問税理士等の専門家にご確認ください。